一、概述:
本试剂盒选择四套简并锚式oligo(dT)MN引物作为锚定引物,在oligo(dT)MN 5′端加一段T7引物序列M=G/A/C,N=G,A,T,C。具体序列见附一,本试剂盒提供二十种十聚体随机引物,在十聚体随机引物的5′端加上一段M13通用引物,具体序列见附一,差异展示示意图见附二,差异筛选得到的对应于这些mRNA的DNA序列可以回收,克隆,测序以及用于制备杂交或者文库筛选的探针。
二、组成:
10×PCR buffer: 300ul 5×RT buffer: 100ul
dNTP1(1mM): 30ul dNTP2(0.2mM): 200ul
Taq-plus(2u/ul): 200ul
T7引物(10pM): 100ul M13引物(10pM): 100ul
T7T12MG, T7T12MA, T7T12MC, T7T12MT各150ul(10uM)
M13RP 1—20 各50ul(2uM)
H2O 1.5ml
三、步骤:
1 确保mRNA或总RNA的样品完整,而且不含DNA污染(用Dnase-free RNase,消化mRNA,具体方法见《精编分子生物学实验指南》,科学出版社,P621-622。)
2 逆转录:
(1)按下列方法建立四套不同的简并oligo(dT)锚定引物(T7T12MG, T7T12MA, T7T12MC, T7T12MT)
5×RT buffer 4 ul
dNTP1(1mM): 1 ul
总RNA: 0.2 ug(或mRNA0.1ug)
T7T12MN: 1 ul
加水补足: 19 ul
**离心数秒混匀。
(2)65℃温育2min,37℃温育5min;
(3)加入1ul M-MLV(RNase H-)反转录酶,离心数秒,37℃50min;
(4)95℃温育5min灭活反转录酶,稍加高速离心以收集液滴,可立即用于PCR扩增,或贮存于-20℃,用于下面实验。
3 PCR差异显示mRNA:
(1)对于每一套引物按以下方案准备20ul反应液:
10×PCR buffer: 2ul
dNTP2(0.2mM): 1ul
T7T12MN: 1ul
M13十聚体随机引物: 1ul
cDNA(RT产物): 2ul
Taq-plus: 0.5-1ul
加水补足: 20ul
(2)离心数秒,按下列参数进行PCR扩增:
94℃ 预变性 2min
(94℃ 变性 30秒
40℃ 复性 20秒
72℃ 延伸 60秒)循环40轮
72℃ 延伸加时 10min
4 PCR电泳
(1) 制备6%聚丙烯酰胺变性凝胶
(2) 取3-5ulPCR产物加等体积甲酰胺加样缓冲液(2*loading buffer), 95℃ 2min
(3) 立即冰浴,离心数秒,将样品上样于6%变性聚丙烯酰胺凝胶,60W电泳2-3小时。
(4) 银染观察,DNA片段差异,并将差异带回收,以便进行以后的实验。
·试剂盒说明:
1 RNA样品数不要太多,以2-4个为宜。
2 逆转录时每个RNA样品均需分别使用4套oligo(dT)简并引物。
3 PCR扩增时,随机引物有二十种,不必要一次做完,每个样品PCR扩增时均需设2-4个平行样。
4 差异展示能展示差异基因的表达与否或表达高低不同,但假阳性极高,因此实验过程中应非常小心,另得到差异片段后,均需经过 Dot blotting(反Northern)验证。
5 本试剂盒提供的锚定引物和随机引物具有如下优点:
(1) 差异带回收后可直接用T7和M13引物重新扩增增加产量。
(2) 差异带经确认后,不需克隆,可直接用T7或M13引物进行测序。
附录一:
锚定引物:
T7T12MA: 5′ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTT(A/C/G)A 3′
T7
T7T12MC 5′ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTT(A/C/G)C 3′
T7T12MG 5′ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTT(A/C/G)G 3′
T7T12MT 5′ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTT(A/C/G)T 3′
随机引物:
M13RP1:5′ ACAATTTCACACAGGACGACTCCAAG 3′
M13
M13RP2: 5′ ACAATTTCACACAGGAGCTAGCATGG 3′
M13RP3: 5′ ACAATTTCACACAGGAGCTAGCATGG 3′
M13RP4: 5′ ACAATTTCACACAGGAGCTAGCAGAC 3′
M13RP5: 5′ ACAATTTCACACAGGAATGGTAGTCT 3′
M13RP6: 5′ ACAATTTCACACAGGATACAACGAGG 3′
M13RP7: 5′ ACAATTTCACACAGGATGGATTGGTC 3′
M13RP 8:5′ ACAATTTCACACAGGATGGTAAAGGG 3′
M13RP9: 5′ ACAATTTCACACAGGATAAGACTAGC 3′
M13RP10: 5′ ACAATTTCACACAGGAGATCTCAGAC 3′
M13RP11: 5′ ACAATTTCACACAGGAACGCTAGTGT 3′
M13RP12:5′ ACAATTTCACACAGGAGGTACTAAGG 3
M13RP13: 5′ ACAATTTCACACAGGAGTTGCACCAT 3′
M13RP14: 5′ ACAATTTCACACAGGATCCATGACTC 3′
M13RP15: 5′ ACAATTTCACACAGGACTTTCTACCC 3′
M13RP16: 5′ ACAATTTCACACAGGATCGGTCATAG 3′
M13RP17: 5′ ACAATTTCACACAGGACTGCTAGGTA 3′
M13RP18: 5′ ACAATTTCACACAGGATGATGCTACC 3′
M13RP19: 5′ ACAATTTCACACAGGATTTTGGCTCC 3′
M13RP20: 5′ ACAATTTCACACAGGATCGATACAGG 3′
附录2:
差异展示的示意图。凝胶图谱表示用一套引物对两种类型细胞A和B扩增结果。虚线代表RNA;T12MN表示简并oligo(dT)引物;M表示A、C、G(简并);N可以是A、C、G、T。
