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A034 差异筛选(DD—RT)PCR试剂盒
作者:大麦 来自:鼎国公司 点击:0 时间:2006-7-11

一、概述:

本试剂盒选择四套简并锚式oligo(dT)MN引物作为锚定引物,在oligo(dT)MN 5′端加一段T7引物序列M=G/A/C,N=G,A,T,C。具体序列见附一,本试剂盒提供二十种十聚体随机引物,在十聚体随机引物的5′端加上一段M13通用引物,具体序列见附一,差异展示示意图见附二,差异筛选得到的对应于这些mRNA的DNA序列可以回收,克隆,测序以及用于制备杂交或者文库筛选的探针。

 

二、组成:

10×PCR buffer:   300ul        5×RT buffer:     100ul

dNTP1(1mM):       30ul        dNTP2(0.2mM):    200ul

Taq-plus(2u/ul): 200ul

T7引物(10pM):  100ul         M13引物(10pM):  100ul

T7T12MG, T7T12MA, T7T12MC, T7T12MT各150ul(10uM)

M13RP 1—20 各50ul(2uM)

H2O  1.5ml

 

三、步骤:

1 确保mRNA或总RNA的样品完整,而且不含DNA污染(用Dnase-free RNase,消化mRNA,具体方法见《精编分子生物学实验指南》,科学出版社,P621-622。)

2 逆转录:

1)按下列方法建立四套不同的简并oligo(dT)锚定引物(T7T12MG, T7T12MA, T7T12MC, T7T12MT)

5×RT buffer       4 ul

dNTP1(1mM):        1 ul

RNA:            0.2 ug(或mRNA0.1ug)

T7T12MN:             1 ul

加水补足:         19 ul

                **离心数秒混匀。

 

2)65℃温育2min,37℃温育5min;

3)加入1ul M-MLV(RNase H-)反转录酶,离心数秒,37℃50min;

4)95℃温育5min灭活反转录酶,稍加高速离心以收集液滴,可立即用于PCR扩增,或贮存于-20℃,用于下面实验。

 

 

3 PCR差异显示mRNA:

1)对于每一套引物按以下方案准备20ul反应液:

   10×PCR buffer:         2ul

dNTP2(0.2mM):           1ul

T7T12MN:                 1ul

M13十聚体随机引物:     1ul

cDNA(RT产物):         2ul

Taq-plus:           0.5-1ul

加水补足:             20ul

2)离心数秒,按下列参数进行PCR扩增:

94℃  预变性  2min

94℃  变性   30秒

40℃  复性    20秒

72℃  延伸    60秒)循环40轮

72℃  延伸加时 10min

4 PCR电泳

(1)     制备6%聚丙烯酰胺变性凝胶

(2)     取3-5ulPCR产物加等体积甲酰胺加样缓冲液(2*loading buffer), 95℃ 2min

(3)     立即冰浴,离心数秒,将样品上样于6%变性聚丙烯酰胺凝胶,60W电泳2-3小时。

(4)     银染观察,DNA片段差异,并将差异带回收,以便进行以后的实验。

·试剂盒说明:

1 RNA样品数不要太多,以2-4个为宜。

2 逆转录时每个RNA样品均需分别使用4套oligo(dT)简并引物。

3 PCR扩增时,随机引物有二十种,不必要一次做完,每个样品PCR扩增时均需设2-4个平行样。

4 差异展示能展示差异基因的表达与否或表达高低不同,但假阳性极高,因此实验过程中应非常小心,另得到差异片段后,均需经过 Dot blotting(反Northern)验证。

5 本试剂盒提供的锚定引物和随机引物具有如下优点:

(1)    差异带回收后可直接用T7和M13引物重新扩增增加产量。

(2)    差异带经确认后,不需克隆,可直接用T7或M13引物进行测序。

 

附录一:

锚定引物:     

T7T12MA 5ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTTA/C/GA  3

                    T7

T7T12MC  5ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTTA/C/GC  3

T7T12MG  5ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTTA/C/GG  3

T7T12MT  5ACGACTCACTATAGGGCTTTTTTTTTTTTA/C/GT  3

 

随机引物:

 

M13RP15  ACAATTTCACACAGGACGACTCCAAG   3

M13

M13RP2 5  ACAATTTCACACAGGAGCTAGCATGG   3

M13RP3 5  ACAATTTCACACAGGAGCTAGCATGG   3

M13RP4 5  ACAATTTCACACAGGAGCTAGCAGAC   3

 

M13RP5 5  ACAATTTCACACAGGAATGGTAGTCT   3

M13RP6 5  ACAATTTCACACAGGATACAACGAGG   3

M13RP7 5  ACAATTTCACACAGGATGGATTGGTC   3

M13RP 85  ACAATTTCACACAGGATGGTAAAGGG   3

 

M13RP9 5  ACAATTTCACACAGGATAAGACTAGC   3

M13RP10 5  ACAATTTCACACAGGAGATCTCAGAC   3

M13RP11 5  ACAATTTCACACAGGAACGCTAGTGT   3

M13RP125  ACAATTTCACACAGGAGGTACTAAGG   3

 

M13RP13 5  ACAATTTCACACAGGAGTTGCACCAT   3

M13RP14 5  ACAATTTCACACAGGATCCATGACTC   3

M13RP15 5  ACAATTTCACACAGGACTTTCTACCC   3

M13RP16 5  ACAATTTCACACAGGATCGGTCATAG   3

 

M13RP17 5  ACAATTTCACACAGGACTGCTAGGTA   3

M13RP18 5  ACAATTTCACACAGGATGATGCTACC   3

M13RP19 5  ACAATTTCACACAGGATTTTGGCTCC   3

M13RP20 5  ACAATTTCACACAGGATCGATACAGG   3

 

  

 

附录2:

 

差异展示的示意图。凝胶图谱表示用一套引物对两种类型细胞A和B扩增结果。虚线代表RNA;T12MN表示简并oligo(dT)引物;M表示A、C、G(简并);N可以是A、C、G、T。

责任编辑:xoyu 文章页数第[1]页 


 
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